Marathon fue lanzado en septiembre de 1979 y continuó la dirección pop-rock de su predecesor, aunque incorporando elementos de jazz fusión. Fue grabado en los estudios Automatt en San Francisco, California.
El álbum incluye el sencillo "You Know That I Love You", que alcanzó el puesto 35 en el Billboard Hot 100, y una versión instrumental de "Aqua Marine", que se convirtió en una pieza destacada en las presentaciones en vivo de la banda.
A pesar de no alcanzar el éxito comercial de álbumes anteriores, Marathon llegó al puesto 25 en la lista Billboard 200 y fue certificado disco de oro. La crítica destacó la habilidad técnica de Santana, pero señaló una falta de cohesión en el repertorio.