Marathon foi lançado em setembro de 1979 e deu continuidade à direção pop-rock de seu antecessor, embora incorporando elementos de jazz fusion. Foi gravado nos estúdios Automatt em São Francisco, Califórnia.
O álbum inclui o single "You Know That I Love You", que alcançou a 35ª posição na Billboard Hot 100, e uma versão instrumental de "Aqua Marine", que se tornou uma peça de destaque nas apresentações ao vivo da banda.
Apesar de não alcançar o sucesso comercial de álbuns anteriores, Marathon atingiu o 25º lugar na parada Billboard 200 e foi certificado como disco de ouro. A crítica destacou a habilidade técnica de Santana, mas apontou falta de coesão no repertório.